Gleba i utrzymanie jej żyzności jest dla rolnika ekologicznego poważnym wyzwaniem. To przecież jego warsztat pracy.
Zachowanie i zwiększanie żyzności gleby poprzez właściwy płodozmian, przeciwerozyjną uprawę gleby (np. ciągłe okrycie gleby przez rośliny), wspieranie życia glebowego i zaopatrzenie w materię organiczną, należą od najważniejszych celów gospodarczych rolnika ekologicznego.
Pojawiające się w uprawach choroby roślin, szkodniki, chwasty świadczą o zaburzeniu harmonii życia glebowego.