Rolnicy ekologiczni są zarówno strażnikami, jak i użytkownikami bioróżnorodności na wszystkich jej poziomach. Na poziomie genów, poprzez preferowanie tradycyjnych i lokalnych odmian roślin i zwierząt hodowlanych, ze względu na ich większą odporność na choroby i stres, związany z warunkami klimatycznymi. Na poziomie gatunków, różnorodna kombinacja roślin i zwierząt optymalizuje cykl materii i energii w produkcji rolnej.
Utrzymywanie naturalnych elementów krajobrazu (miedze, zakrzewienie śródpolne, oczka wodne) wewnątrz upraw ekologicznych i wokół nich oraz rezygnacja ze środków chemicznej ochrony roślin, stwarza odpowiednie siedliska dla rozwoju dzikiego życia. System gospodarowania ekologicznego zabezpiecza bazę pokarmową oraz stwarza schronienie. Brak pestycydów przyciąga nowe gatunki dzikich roślin i zwierząt (np. ptaków) oraz organizmów pożytecznych takich, jak owady drapieżne i zapylające, które kolonizują uprawy ekologiczne.