Rolnik ekologiczny nie stosuje szybko działających nawozów mineralnych. Pracuje, wspierając naturalne procesy biologiczne. W trosce o rozwój i zaopatrzenie roślin w ważny składnik, jakim jest azot, uprawia rośliny motylkowe (np. koniczyna, łubiny, groch, bobik) współżyjące z bakteriami brodawkowymi. Bakterie te żyją na korzeniach roślin motylkowych w brodawkach (stąd ich nazwa), wiążąc wolny azot atmosferyczny i udostępniając go roślinom.

Rośliny głęboko korzeniące się gromadzą składniki takie, jak fosfor, potas, magnez z głębszych warstw gleby (1 do 1,5m) i przemieszcza je ku górze, dzięki czemu są dostępne dla roślin następnych, płytko korzeniących się. W trosce o obieg substancji odżywczej rolnik ekologiczny kompostuje resztki organiczne w gospodarstwie.