Stosowanie GMO w ekologicznych uprawach jest niedozwolone na jakimkolwiek etapie produkcji, przetwarzania, czy handlu. Potencjalny wpływ organizmów modyfikowanych genetycznie zarówno na środowisko, jak i na zdrowie nie jest całkowicie zbadany.
Rolnictwo ekologiczne podchodzi do tego tematu ostrożnie i wybiera naturalną różnorodność biologiczną. Etykieta produktów ekologicznych daje zatem pewność, że GMO nie zostały użyte w produkcji i przetwórstwie produktu ekologicznego. Tej gwarancji nie daje produkt rolnictwa konwencjonalnego – zamieszczanie na etykiecie informacji o środkach produkcji GMO, stosowanych w procesie powstawania produktu nie jest, dotychczas stosowane.