Rolnictwo ekologiczne kieruje się zasadą, dążącą do zamknięcia obiegu energii i materii w gospodarstwie. Procesy w nim zachodzące oraz zamknięty obieg decyduje o uzyskaniu wysokiej jakości żywności, przy jednoczesnej ochronie środowiska naturalnego. Gospodarstwo traktuje się jak jeden organizm. Taki system wpływa korzystnie na utrzymanie długoterminowej stabilność produkcji.
Płodozmian, dobór gatunków i odmian roślin oraz ras zwierząt dostosowuje się do warunków siedliska. Prowadząc w ten sposób produkcję rolnik uzyskuje stabilność agro-ekosystemu.
Dobrze zaplanowany i przemyślany płodozmian to połowa sukcesu. Niektóre gatunki roślin pozostawiają złe stanowisko dla roślin następczych, natomiast część roślin przygotowuje bardzo dobrze glebę i stanowisko. Nowoczesne metody uprawy gleby pozwalają na utrzymanie zdrowych roślin i pomagają w ograniczeniu zachwaszczenia, występowania szkodników i chorób roślin do poziomu nie wpływającego drastycznie na wysokość i jakość plonu.
Każda forma rolniczego gospodarowania ingeruje w przyrodę. Również w rolnictwie ekologicznym dochodzi do ingerencji, jednak nie zakłóca ona funkcjonowania ekosystemu. Zachodzące w przyrodzie procesy naturalne są jedynie stymulowane, kształtowane przez rolnika w celu uzyskania pozytywnego impulsu dla zwiększania plonu. Producent ekologiczny stwarza korzystne warunki wzrostu i rozwoju roślinom uprawnym, hodowanym zwierzętom, organizmom pożytecznym i dzikiej przyrodzie. W rolnictwie ekologicznym
zabronione jest stosowanie zewnętrznych środków produkcji, takich jak syntetyczne mineralne nawozy azotowe, syntetyczne środki ochrony roślin oraz regulatory wzrostu np. hormony oraz organizmy genetycznie modyfikowane (tzw. GMO). Rezygnuje się z uzyskania maksymalnej wysokości plonów kosztem środowiska, zdrowia zwierząt i człowieka.
Celem rolnictwa ekologicznego jest zmniejszenie negatywnego oddziaływania rolnictwa na człowieka, użytkowane zwierzęta i środowisko (rozumianego, jako ziemia, woda, powietrze dzika fauna i flora), a poprzez wytwarzany produkt także i na konsumenta.