Obok produkcji zdrowych roślin w zdrowiej glebie, podstawową zasadą rolnictwa ekologicznego jest chów zwierząt, zgodny z wymogami gatunku. I tak np. trzymanie kur w klatkach jest zabronione, a świnie mają ściółkę i naturalne światło w pomieszczeniach. Wszystkie gatunki zwierząt muszą mieć wybiegi i pastwiska.
W rolnictwie ekologicznym zabronione jest stosowanie transferu zarodków, tuczenie zwierząt, stosowanie pasz pochodzenia zwierzęcego oraz pasz, zawierających dodatki syntetyczne i organizmy modyfikowane genetyczne (GMO).