Wpływ rolnictwa ekologicznego na naturalne zasoby środowiska sprzyja interakcjom, zachodzącym w agro-ekosystemie. Są one istotne (wymierne i niezwykle ważne) zarówno dla produkcji rolniczej, jak i dla ochrony środowiska naturalnego.

Usługi dla środowiska to między innymi uprawa gleby i formowanie stabilności glebowej, utylizacja odpadów, czasowe unieruchomienie węgla, obieg składników (materii), drapieżnictwo, czy zapylanie. Poprzez wybór produktów ekologicznych, konsument promuje system mniej obciążający i mniej zanieczyszczający środowisko naturalne. Ukryte nakłady rolnictwa, uzyskiwane są często kosztem środowiska, wykorzystując jego zasoby i przyczyniając się do jego degradacji.

W ekologicznym systemie produkcji koszty te są zredukowane do minimum, gdyż rolnictwo ekologiczne współistnieje ze środowiskiem, kształtując je oraz chroni energię nie odnawialną oraz źródła surowców naturalnych.