Rolnictwo ekologiczne we współczesnej formie ukształtowało się przy udziale nauki a wyrosło z trzech głównych metod gospodarowania:
- Biodynamicznej, zapoczątkowanej w Niemczech, przez Rudolfa Steinera, który w 1924 roku w Kobierzycach koło Wrocławia przeprowadzał szkolenia dla rolników z duchowych podstaw rolnictwa;
- Organicznej, reprezentowanej przez Alberta Howarda z Anglii;
- Biologicznej, rozwiniętej w Szwajcarii przez Hansa-Petera Ruscha i Hansa Mülera.
Termin „rolnictwo ekologiczne” pojawił się na początku lat siedemdziesiątych dwudziestego wieku, jako uogólnienie metod produkcji rolnej, opracowanych przez tych autorów. W tym czasie doszło do wymiany doświadczeń i nawiązania współpracy w zakresie metod gospodarowania przyjaznych naturze, co zaowocowało powstaniem w 1972 roku międzynarodowej federacji IFOAM (International Federation of Organic Agriculture Movements). Początkowo federacja zrzeszała 5 organizacji pozarządowych. Dzisiaj IFOAM ma 650 członków w 108 krajach.