Istnieje wiele definicji rolnictwa ekologicznego. Wszystkie zakładają jednak, że jest to system gospodarowania, który kładzie silny nacisk na przyjazne dla środowiska i zrównoważone działania rolnicze, prowadzone ze szczególną dbałością o dobrostan zwierząt i zdrowie człowieka.
Rolnictwo ekologiczne jest metodą gospodarowania rolniczego, przy utrzymaniu optymalnego poziomu plonowania i wysokiej żyzności gleby. Ten efekt uzyskuje się nie poprzez maksymalizację plonów, lecz poprzez ochronę gleby, powietrza, wody, roślin, zwierząt i człowieka. Są to wartości pierwszoplanowe i wszystkie inne są im podporządkowane. Zamknięty obieg materii w gospodarstwie, produkcja zgodna ze środowiskiem, przy jednoczesnym minimalizowaniu zagrożeń, wynikających z jego zanieczyszczenia, utrzymanie zwierząt zgodne z wymaganiami ich gatunku oraz zdrowie i praca człowieka mają największe znaczenie w tym systemie. Rolnik kształtuje ekosystem swoim gospodarstwie, a taki sposób gospodarowania pozwala na zachowanie stabilności ekologicznej środowiska oraz zrezygnowanie z syntetycznych środków produkcji.
Rolnictwo ekologiczne nie jest powrotem do zacofanego rolnictwa. Przeciwne, bazuje na wieloletnim doświadczeniu i naukowych podstawach z zakresu nawożenia gleby i ochrony roślin oraz na bazie nowoczesnego doświadczalnictwa, rozwijającego się na uczelniach wyższych i w sieci gospodarstw doświadczalnych.
Rolnictwo ekologiczne jest formą gospodarowania inna od produkcji integrowanej, zrównoważonej, czy upraw chronionych biologicznie. W założeniu systemy te również dążą do odciążenia i ochrony środowiska, jednak nie zaniechano w nich całościowego i stałego stosowania chemiczno-syntetycznych środków ochrony roślin i nawozów, jedynie częściowo je ograniczono.
Rolnictwo ekologiczne to: gwarancja i pewność ochrony środowiska, dbałość o zdrowie człowieka i dobrostan zwierząt. Jest to jedyna forma rolniczego gospodarowania, która jest jasno i precyzyjnie określona przez przepisy Unii Europejskiej (Rozp. Rady WE nr 834/2007 i Komisji WE nr 889/2008). Zgodnie z zapisami rozporządzenia, w rolnictwie ekologicznym, gospodarstwa, przetwórnie, sklepy są, co roku kontrolowane przez upoważnione jednostki certyfikujące, co pozwala prześledzić cały proces produkcji „od pola do gotowego produktu”